当股东失踪时，注销营业执照需要遵循一系列的法律程序和规定。以下是一个详细的步骤指南：

1. 申请召开：在股东失踪且无法联系到的情况下，如果公司章程没有特殊规定，法人可以申请召开股东会议。
2. 决议解散：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东会三分之二以上表决权通过解散公司决议后，可以依法定程序注销公司。注意，如果公司章程对作出解散公司的股东会决议表决权比例有特别约定，且不低于三分之二的，应按照公司章程的规定方能作出有效的解散公司股东会决议。
注意：召开股东会议需通知所有股东，哪怕是失联股东也需按照程序予以通知，并保存好相应材料，另外通知时间尤其重要。

在股东失踪且已通过股东会决议解散公司后，可以开始办理注销手续：
1. 成立清算组：公司应依法成立清算组，对公司财产进行清算，并制作清算报告。清算报告需经股东会、股东大会或者人民法院确认。
2. 提交申请：向公司登记机关提交清算报告、注销登记申请书、《企业法人营业执照》正副本及公章等相关文件。
3. 公告与注销：在工商局认可的报刊上刊登清算公告，并在公告期满后办理注销登记手续。领取《准予注销登记通知书》，完成注销流程。